الخيار يماغيج ثنائي

الجسيمات تحليل التلقائي الجسيمات عد عد الجسيمات التلقائي يمكن القيام به إذا لم يكن لديك صورة الكثير من الجزيئات الفردية اللمس. ويمكن أن يتم الفرز اليدوي الجسيمات باستخدام أداة متعدد نقطة. تجزئة. أو القدرة على التمييز كائن من خلفيتها، يمكن أن يكون مسألة صعبة للتعامل معها. مرة واحدة وقد تم ذلك، ومع ذلك، يمكن بعد ذلك يتم تحليل الكائن. الخام عتبة AnalyzeParticles مستجمعات المياه وضع عتبة 5.1.1.1 دليل العتبة تحليل الجسيمات التلقائي يتطلب ثنائي، أبيض وأسود، صورة. تم تعيين مجموعة عتبة لقول الأشياء ذات الاهتمام بصرف النظر عن الخلفية. كل بكسل في الصورة التي تكمن القيم تحت عتبة يتم تحويلها إلى بكسل سوداء ومع كل يتم تحويل القيم فوق عتبة إلى الأبيض، أو العكس بالعكس. هناك عدة طرق لتعيين العتبات. وthresholded الصور الأحادية اللون الأكثر ببساطة عن طريق الأمر القائمة صورة ضبط عتبة. يمكن تعيين عتبة باستخدام قضبان المنزلق. يتم عرض بكسل ضمن نطاق عتبة باللون الأحمر. عندما كنت راضيا عن إعدادات العتبة، يمكنك ثم ضرب تطبيق. وهذا ينطبق بشكل دائم إعدادات العتبة وتحويل الصورة إلى ثنائي. لديك خيارات مختلفة لتحديد عتبة اليدوية. القائمة المنسدلة لتعيين افتراضي يسمح لك أن تختار بين الافتراضي و15 تقنيات عتبة أخرى. القائمة المنسدلة المقرر أن الأحمر يسمح لك أن تختار بين الأحمر على الألوان الأبيض والأسود على مخطط اللون الأبيض، أو نظام الألوان فوق وتحت. سوف مربع خلفية غامق الوجه اللون الأمامي بلون الخلفية. يمكنك أيضا اختيار علامة في المربع المكدس الرسم البياني لإنتاج الرسم البياني لكومة بأكمله. عن الصور الملونة، ووضع حد يتم ذلك مع الأمر تسلسل صورة ضبط اللون عتبة. . الخيار طريقة استيفاء الحد الأدنى يسمح لك باختيار techniqe العتبة آخر غير الافتراضي. الخيار عتبة اللون يسمح لك أن تختار بين الأحمر والأبيض والأسود، أو W B كلون العتبة. الخيار مساحة اللون يسمح لك أن تختار بين HSB، RGB، ومختبر، ويوف. الخلفية من الصورة thresholded يمكن إجراء خفيفة أو داكنة. ويمكن تحويل الصورة إلى صورة ثنائية عن طريق أمر القائمة نوع صورة 8 بت. هناك العديد من الخوارزميات التي يمكن استخدامها لحساب عتبة دون إدخال المستخدم التحيز. تقييم أكثر من 40 من هذه يمكن أن تكون موجودة في هذه الورقة: سيزجين، M. Sankur، B. (2004)، مسح على تقنيات العتبة صورة وتقييم الأداء الكمي. ، مجلة التصوير الإلكترونية 13 (1). 146-168 (على الباحث العلمي من Google). فيجي لديها العديد من الإضافات الموجودة في الصورة القائمة ضبط عتبة لحساب التلقائي للعتبة الصورة. وتشمل هذه أوتسو الصورة العتبة، العتبة القصوى الكون، والعتبة النمذجة الخليط. للحصول على قائمة كاملة من الأساليب المتاحة مع فيجي راجع قسم الإضافات الموجودة في قسم الوثائق تحت علامة التبويب محتوى في أعلى هذه الصفحة. الفصل فاصلا تداخل الكائنات في صورة ثنائية يمكن فصلها باستخدام القائمة عملية القيادة ثنائي مستجمعات المياه. أولا تحويل الصورة إلى ثنائي من قبل العتبة. ثم يتم استبدال بكسل سوداء مع بكسل الرمادية من شدة يتناسب مع المسافة بينهما من بكسل الأبيض. بكسل سوداء أقرب إلى حافة هي أخف من بكسل السوداء التي هي أكثر مركزية. هذه هي خريطة المسافة الإقليدية (التنظيم الإداري) من المنطقة السوداء. من هذه تحسب مراكز الكائنات. هذه هي النقاط المتآكلة في نهاية المطاف (UEPs) من كل المنطقة السوداء بمعنى أنها هي على مسافة واحدة من كل حافة. ثم المتوسعة هذه النقاط حتى لمس بكسل أسود آخر. هذه نقطة التقاء حيث يتم رسم خط فاصل. تحليل الجسيمات تحليل الجسيمات في صورة مجزأة، استخدم الأمر القائمة تحليل تحليل الجزيئات. . هذا وسوف توفر لك معلومات حول كل الجسيمات في الصورة. تعيين الحد الأدنى لحجم والحد الأقصى لحجم منطقة بكسل لاستبعاد كل ما هو ليس موضع اهتمام في الصورة. ويمكن أيضا اختيار القيم استدارة بين 0.0 و 1.0 للمساعدة في استبعاد الأشياء غير المرغوب فيها. حدد عرض: الخيار لعرض صورة من الكائنات الكشف عن الخطوط العريضة. كما يسمح القائمة المنسدلة مشاهدة المستخدم لإظهار شيء، باري الخطوط العريضة، والحذف، وأقنعة، عدد أقنعة، تراكب الخطوط العريضة، وتراكب أقنعة. يمكن للمستخدم اختيار ما إذا كان لعرض النتائج. نتائج واضحة. تلخيص . إضافة إلى مدير. استبعاد على الحواف. تشمل الثقوب. يبدأ قياسية. و / أو في الموقع مشاهدة. تحليل الجسيمات يمكن أن يكون آليا عن طريق الإضافات أو وحدات الماكرو مرة واحدة وقد تم تحديد قيمة العتبة وحجم الجسيمات النطاق الصحيح لكائنات اهتمامك. نواة مكافحة هذا البرنامج المساعد بأتمتة العديد من الخطوات التي نوقشت أعلاه. أدخل نطاق حجم تحسب تحديد الطريقة العتبة التلقائي. هذا يمكن أن يكون إما الحالي. أوتسو. الحد الأقصى الانتروبيا، خليط نمذجة أو وسائل ك المجموعات. يستخدم تيار العتبة التي تم ضبطها يدويا، انظر أعلاه. إجراء تصحيح الخلفية. استخدام عامل تصفية السلس. إجراء فصل فاصلا. إضافة جزيئات إلى مدير العائد على الاستثمار. نقول نعم للمحاكمة. يمكن بسهولة إضافة خيارات أخرى بناء على طلبها. يتم إرجاع العد، منطقة، ومتوسط ​​حجم باعتبارها نافذة النص ومضافين الجزيئات المذكورة على نسخة مكررة من الصورة الأصلية. يمكنك استخدام أداة متعدد نقطة المدمج في عد الجسيمات يدويا. الجسيمات المقتفي الجسيمات المقتفي هو 2D ميزة المساعد نقطة تتبع للكشف الآلي وتحليل مسارات الجسيمات كما هو مسجل بواسطة التصوير الفيديو في بيولوجيا الخلية. وdecsribed الخوارزمية في Sbalzarini وكوموتساكوس (2005 1). TrackMate استخدم الأمر القائمة الإضافات تتبع TrackMate. هذا البرنامج المساعد يسمح لك لأداء تتبع جسيم واحد من هياكل تشبه بقعة. لمزيد من المعلومات المتعمقة، راجع البرنامج التعليمي TrackMate والتفسير. تتبع اليدوي استخدم الإضافات أمر القائمة تتبع تتبع اليدوي. هذه الأداة تسمح لك لتتبع حركة خلية. DiameterJ المحتويات ألياف نانوية قياس القطر، وتحليل قطر ألياف نانوية، ألياف نانوية قطر التوصيف، ألياف نانوية برنامج قطر، ألياف نانوية قطر المساعد، برنامج قطر ألياف نانوية، يماغيج قطر ألياف نانوية، فيجي قطر ألياف نانوية، قطر ألياف نانوية الآلي، حرة ومفتوحة المصدر، دائرة نصف قطرها DiameterJ 1 هو حر، فتح المساعد مصدر لخلق يماغيج، يماغيج 2، وفيجي وضعت في المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا. DiameterJ هو ألياف نانوية أداة قطر توصيف التحقق من صحتها. DiameterJ غير قادرة على تحليل صورة والعثور على قطر من ألياف النانو أو ليف دقيق في كل بكسل على طول محور الألياف وينتج رسم بياني لهذه الأقطار. وشملت مع هذا الرسم البياني لإحصاءات موجزة مثل قطر الألياف متوسط ​​ومعظم قطر التي تحدث الألياف (واسطة). أيضا حزم DiameterJ OrientationJ 2 لتحليل كامل لاتجاه الألياف في صورة فضلا عن وظيفة الجسيمات تحليل صلب يماغيج / فيجي لتحليل مساحة المسام داخل السقالات وإنتاج إحصاءات موجزة لالمسام. نظرة عامة نظرة عامة على تدفق تحليل DiameterJ - (الأعلى) صورة ووزارة شؤون المرأة - المسافة الإقليدية منمنمة تحويل. (القاع) وهناك عدد قليل من الرسوم البيانية قادرة على يتم إنتاجها من البيانات التي قدمها DiameterJ DiameterJ 1 هو عملية من خطوتين من تحليل الصور: صورة الإنقسام في صورة ثنائية (أبيض وأسود بكسل فقط) وقد أدرجت ستة عشر خوارزميات تجزئة الافتراضي مع DiameterJ في SRM الجزء والجزء الإضافات المختلطة. ومع ذلك، هذه الخوارزميات قد لا تعمل لجميع الصور ووزارة شؤون المرأة. إذا كان المستخدم غير راضية عن نتائج خوارزميات تجزئة (أي الصور بالأبيض والأسود التي لا تنتج تمثيل دقيق للصورة الأصلية) ثم DiameterJ سوف لا تزال تعمل مع أي صورة الثنائية التي تم مجزأة من خلال بعض وسائل أخرى. تحليل صورة المقسمة جميع التدابير التي قدمها DiameterJ بالبكسل التي كتبها DiameterJ الافتراضي تم التحقق من صحتها مع أكثر من 130 الصور الرقمية التي تم إنشاؤها في سيليكون ومع مسح الصور المجهر الالكتروني من الأسلاك إشارة بأقطار المعروفة. - ألياف التي تكون أصغر من 10px أو أكثر من 10 من أصغر أبعاد الصورة تنتج 10 أو أكبر خطأ - للالآن DiameterJ يحلل. TIF فقط، JPEG، PNG. BMP، وملفات. gif - يجب أن تكون ألياف أقل من 512px في قطر ليتم تحليلها إذا كنت ترغب في الاستشهاد DiameterJ في عملك، يمكن الاطلاع على معلومات الاقتباس هنا أو استخدام أدناه: استشهاد / مرجع معلومات Hotaling NA، بهارتي K، Kriel H، سيمون الابن CG. DiameterJ: والتحقق من صحة المصدر المفتوح أداة قياس قطرها ألياف نانوية. المواد الحيوية 2015 61: 327 38. دوى: 10.1016 / j. biomaterials.2015.05.015. تحميل رابط كيف DiameterJ الأشغال مخطط من التعليمات البرمجية DiameterJ ويتمثل الهدف العام من الخوارزمية DiameterJ 1 كان ليكون قادرا على تحليل صورة SEM 8 بت أي قرار باستخدام جهاز كمبيوتر سطح المكتب في أقل من 60 ثانية. رسم تخطيطي كتلة ونظرة عامة عن كيفية تحليل خوارزمية DiameterJ قطرها الألياف وغيرها من خصائص سقالة انظر أدناه. كانت الميكروسكوب تجزئة ووزارة شؤون المرأة أولا مجزأة باستخدام مجموعة متنوعة من التقنيات العتبة المتاحة في ImageJ / فيجي. هي الآلية كل من SRM الجزء والجزء مختلطة الإضافات الادراج الآخرين تجزئة العمل الخوارزمية. على وجه التحديد، وجدنا أن للصور ووزارة شؤون المرأة من ألياف النانو المنطقة الإحصائية دمج خوارزمية 3 التي وضعها يوهانس Schindelin يقوم بعمل كبير من مزج الألياف عبر قطرها وعمق لخلق تمثيل كبيرة من الألياف عندما تتم تجزئة فيها. بالإضافة إلى ذلك، ونحن نستخدم أكثر خوارزميات التجزئة التقليدية التي وضعتها أوتسو (4). هوانغ 5. Kittler (خطأ دقيقة) 6. دويل (المئوية) 7. أو زاك (المثلث) 8 بعد تجزئة جميع الصور قد تبقي الضوضاء والخصائص المورفولوجية التي تم ممهدة وفقا للبروتوكولات التي حددها D أموري 9 وغونزاليس (10). لفترة وجيزة، تم إجراء جولات متتالية من إزالة الضوضاء (عن طريق القيادة تمويه داخلي يماغيج ق) حتى تم العثور على أي تغيير في الصورة. تآكل (من خلال ImageJs الأوامر، وتمدد (من خلال ImageJs تمدد الأوامر)، وتآكل النهائي (من خلال ImageJs قيادة تآكل تآكل)، خدم العمليات لتحسين الصورة، وتسليط الضوء على حواف الألياف والقضاء على المناطق بكسل معزولة. وأجريت إجراءات شكلية وصفه ل تحسين دقة من القرارات محور وفقا للطريقة التي وضعتها لام وآخرون. 11. سوبر بكسل قطر بعد تقطيع الصورة بكسل الأبيض قد لخص لمجموع مساحة الألياف في كل صورة. ثم تم احتساب مختلفين خطوط مركز للصورة، واحد باستخدام خوارزمية ترقق المحورية التي وضعتها تشانغ وسوين 12 (أصبح هيكل القيادة في ImageJ) والآخر باستخدام التغطية بالفسيفساء Voronoi 13 (القيادة Voronoi في ImageJ). الخوارزمية محوري رقيق حساس جدا لتغيرات في سطح الألياف الناتجة في الفروع ل المناطق التي لم تكن بالضرورة ألياف جديدة، وVoronoi خوارزمية يزيد أساسا المسافة بين مجموعات بكسل سوداء منفصلة وغير حساس تماما لمورفولوجيا الألياف الآن. وكان طول كل خط الوسط ثم بلغ متوسط ​​وتم تقسيم مساحة إجمالية قدرها الألياف عن طريق متوسط ​​أطوال ضعفت محوريا وخط الوسط Voronoi. وقد بلغ متوسط ​​اثنين من أطوال محور بناء على نتائج تحليل الصور الرقمية الاصطناعية والنتيجة التي مفادها أن أسلوب واحد المبالغة باستمرار طول الألياف في حين أن آخرين التقليل باستمرار طول الألياف. وقد تم اختيار اسم سوبر بكسل لأن المنطقة الألياف، بالبكسل، ومقسوما على طول خط الوسط، في بكسل وبالتالي إنتاج قيمة الكمية اللابعدية أن ما يعادل يعني قطرها الألياف (طول الألياف × قطر منطقة الألياف). ولهذه القيمة هي وحدة بكسل حولت وتعادل قطر متوسط ​​الألياف في ظل افتراض أن الألياف هي المستطيلات فقط طويلة عندما مجزأة إلى أشكال 2D. بعد حساب الأولي ثم صقلها حساب قطر عن طريق تصحيح التقاطع. وقد تم تصحيح تقاطع طريق أخذ متوسط ​​طول محور وطرح قيمة نصف القطر (تم الحصول عليها من تقريب الأول من القطر كما هو محدد دون تصحيح تقاطع) لكل تقاطع ثلاث نقاط وقيمة قطر (تم الحصول عليها من أول تقدير تقريبي) لكل أربعة تقاطع - point من الألياف. تم العثور على التقاطعات من كل محور باستخدام الخوارزمية التي وضعتها أركانة-كاريراس وآخرون. 14. ثم تم احتساب قطرها جديد باستخدام طول تصحيح جديد والمساحة الكلية للألياف وهذه العمليات تم استقبالها حتى تقاربت إلى 1/1000 من بكسل قطر. بالإضافة إلى ذلك، تم حفظ عدد من التقاطعات أيضا، وحسب كثافة تقاطع (ID) لمنطقة بكسل 100px س 100px (10 4) عن طريق قسمة إجمالي عدد التقاطعات التي كتبها المساحة الإجمالية (بالبكسل) من الصورة وضرب من قبل 10 4.. وقد تم تعريف طول مميزة (CL) من الألياف كما يعني طول الألياف بين التقاطعات وحسبت بقسمة مجموع طول المنتصف من قبل عدد من التقاطعات:. تم حساب طول خط الوسط على أنه متوسط ​​ترقق محوري ومركز خطوط Voronoi التغطية بالفسيفساء. الألياف القطر الرسم البياني الشعاع الرسم البياني التي تنتجها DiameterJ للحصول على توزيع أقطار الألياف تحولت صورة مجزأة مع المسافة الإقليدية التحول خوارزمية 15 (القيادة بعد خريطة في ImageJ). هذه الخوارزمية تأخذ بكسل الألياف وجدت المسافة إلى أقرب حفرة شبكة متعامدة باستخدام الجذر التربيعي لمجموع مربع من المسافات الرأسية والأفقية إلى الحفرة ثم تحول بكسل الألياف إلى قيمة مقياس الرمادية مساوية لتلك المسافة . الصورة الناتجة هي صورة مقياس الرمادية بدلا من الأسود والأبيض. في خط الوسط وتحسب على أساس خوارزمية محوري رقيق فوق ثم يتم مضافين على أعلى الصورة بعد تحويلها. في كل تقاطع محور يتم العثور على قيمة اللون الرمادي ويتم طرح قيم نصف قطر ضمن هذا النطاق الخروج من خط الوسط. ثم يتم الحصول على قيم اللون الرمادي تحت محور المتبقية ومضروبا 2 للحصول على قيمة كل أقطار ليس في منطقة التقاطع. الرسم البياني لاحق من قيم اللون الرمادي ثم وجدت ووضعها في ملف. csv جنبا إلى جنب مع المتوسط ​​العام، الانحراف المعياري، الوسيط والمنوال من كل القيم قطر. وقد تم اختيار محور حساسة لأنه كان الخيار أكثر قدرة على التمييز، وبالتالي، كان ارتفاع احتمالات القضاء بكسل التي كان لها قيمة أعلى من قيمة نصف قطر حقيقية. شبكة الثقوب هول تحليل شبكة يقاس الصور DiameterJ مقطع تحتوي فقط بكسل أبيض وأسود مع بكسل السوداء التي تمثل الخلفية وبكسل البيضاء تمثل الألياف. وقد تم تحليل بكسل سوداء باستخدام الأمر تحليل الجزيئات في ImageJ. هذه الخوارزمية يجد أساسا مجموعات منفصلة من بكسل سوداء، بحساب عدد البكسل في كل مجموعة ثم تقارير منطقتهم. وقد تم اختيار وحدات بكسل لتحليل الجزيئات فضلا عن دائرية 0،00-1،00، الخيار لاستبعاد الكتل التي تلمس تم اختياره حافة أيضا. ثم حفظ تحليل الجزيئات لاحقا لإنتاج بعد الرسم البياني شبكة حفرة، يعني شبكة منطقة حفرة (ينتج عن طريق حساب متوسط ​​جميع المجالات الكتلة)، وثقب في المئة شبكة (ينتج من خلال اتخاذ عدد من بكسل سوداء وتقسيمه على مجموع دقة وضوح الصورة ). تقرر التوجه من الألياف التوجيه باستخدام المكونات في راسخة ليماغيج دعا OrientationJ 2. لتحديد اتجاه الألياف تم استخدام خوارزمية ترقق المحورية ثم محور وسعت من 2 بكسل (باستخدام الأمر تكبير في ImageJ) لضمان قياس دقيق من على خط المرمى. ضمن OrientationJ تم استخدام التدرج فورييه مع نافذة الضبابي من 7 بكسل. ثم حفظ الرسم البياني تردد لاحق من اتجاه الألياف كصورة. حدود OrientationJ الوصول إلى البيانات الخام لهذا الرسم البياني وبالتالي، إذا كان المستخدم يرغب البيانات الخام التي يجب أن تستخدم البرنامج المساعد توزيع OrientationJ. في النسخة فيجي DiameterJ البرنامج المساعد اتجاهية 16، تأليف جان-إيف Tinevez، ويمكن أيضا أن تستخدم للحصول على بيانات توزيع الخام. هذا النهج هو كبير أبطأ وأقل أنيقة (لا تزال النوافذ المنبثقة مفتوحة) من OrientationJ ولكن الآن هذه هي الطريقة الوحيدة للحصول على البيانات التوجه الخام دفعة واحدة. كيفية استخدام DiameterJ العام تعليمات المستخدم التدريب المتعمق لتم تطويره DiameterJ كيفية استخدامها. في المجموع تم كسر التدريب كما في 7 الوثائق المبينة أدناه. ونحن نوصي الذهاب من خلال تدريب خطيا ولكن لا تتردد في مزيج المباراة عندما تتطلب احتياجاتك. كيفية تثبيت واستخدام DiameterJ: DiameterJ الإنقسام صورة تجزئة هو عملية تحويل الصورة إلى تمثيل ثنائي صورتك، حيث تمثل بكسل البيضاء أجزاء من الصورة الأصلية التي كنت ترغب في قياس وبكسل سوداء تمثل الخلفية ان كنت لا ترغب في قياس. كيفية الصور القطاع عن طريق DiameterJ: هناك ما مجموعه 24 الخوارزميات المختلفة التي يمكن استخدامها لصور قطعة المضمنة مع DiameterJ. لا تتردد في استخدام كل منهم أو أيا منها. DiameterJ 1.XXX يمكن تحليل أي (ثنائي) صورة بالأبيض والأسود، وبالتالي لا يحتاج المستخدم إلى استخدام خوارزميات تجزئة وشملت لقطاع صورهم إذا كانوا لا يريدون. تحليل DiameterJ الصور حلل يجب أن تكون ألياف بيضاء على خلفية سوداء. إذا كان لديك ألياف سوداء على خلفية بيضاء عكس صورة لتحليلها مع DiameterJ. وصف متعمقة لكيفية تحليل الألياف أقطار وخصائص سقالة أخرى: من ملاحظة حول تحليل المقاييس الواردة في المجلد إجمالي ملخصات والمعدلات العالمية من قطر، ويمكن أن يكون متحيزا بسهولة إذا الرسم البياني قطر تحليلها لديه التوزيع غير العادي ( أي قمم متعددة، ضجيج كبير سابقة أو لاحقة من الذروة، وما إلى ذلك). ومن نوصي بشدة أن إجراء ذروة نوبة من الرسم البياني قطر للحصول على قياس أكثر دقة إذا كانت الصورة نصف قطرها الرسم البياني (كما هو موضح في المجلد المدرج الإحصائي) يظهر التوزيع غير الطبيعي أو قمم متعددة. بكسل إلى وحدة القطر التحول يرجى الاطلاع الاستخدام العام وصلة تركيب فوق للحصول على شرح مفصل لكيفية القيام بذلك. DiameterJ ملخصات الناتج مجلد صورة المونتاج مع أربع صور في ذلك أفضل صورة اليسار - الأصل صورة مجزأة الأعلى صورة - الصورة اليمنى من خط الوسط على النحو الذي تحدده التغطية بالفسيفساء خوارزمية Voronoi أسفل صورة اليسار - صورة عن تشطر تحصى في الرسم البياني مضافين على الإقليدية بعد تحويلها من الألياف الألياف. الخطوط الصفراء هي المواقع التي تم فرز نصف قطر ألياف هي في اللون الرمادي كما تغيروا عن المسافة الإقليدية تحويل أسفل الصورة اليمنى - وجدت المسامات وتحليلها بواسطة Diameterj صورة مع تكرار توجيه محور من جميع الألياف. هذا هو الناتج من OrientationJ ولم مشفرة عن طريق أي مطور من DiameterJ القيود ونظرا لضيق الألياف الرياضية التي تكون أصغر من 10px أو أكثر من 10 من أصغر البعد من الأخطاء صورة المنتجات التي هي أعلى من 10، وبالتالي تعتبر مرتفعة جدا ل القياس الدقيق. هذا هو لأنه في أقطار صغيرة (أقل من 10px) يمكن أن تسبب خطأ بكسل واحد 10 خطأ في القياس. بينما مع الألياف الكبيرة (أكبر من 10 من أصغر أبعاد الصورة) أخذ العينات منخفضة والآثار حافة الألياف تصبح عاملا مهيمنا في توزيع القطر. هذا القيد لا يمكن التغلب عليها عن طريق تغيير التكبير عند التقاط الصورة لجعل الألياف أصغر / أكبر حسب الاقتضاء. بسبب الألياف أسباب حسابي أن يكون قطرها لا يمكن تحليلها أكبر من 512 بكسل من DiameterJ. بشكل عام، وهذا ليس مدعاة للقلق إذا كان الباحث يأخذ الصور التي لا تنتهك القيد الأول لأن الصورة لا بد أن يكون أكثر من 5120 بكسل على أصغر البعد عن هذا القيد لتؤثر عليها. ومع ذلك، مع الصور مخيط ومع فائق قرارات صورة عالية (36MP أو أكبر) وهذا يمكن أن تكون عاملا مقيدا. العمل جار لتحويل الإقليدية بعد تحويل إلى خوارزمية 16 بت يمكن أن تحليل الصور مع الألياف التي هي 131072 بكسل أو أقل في القطر. الصور التي لديك العديد من الألياف التي ضفر أو لمسة وتشغيل موازية لبعضها البعض لمسافات طويلة في صورة يمكن أن تنتج قمم المخطئين في DiameterJ. هذا هو عادة بسبب تجزئة هذه الصور تظهر واحدة من الألياف أكبر بدلا من العديد من ألياف صغيرة واحدة. بالإضافة إلى ذلك، يمكن للصور حيث تعمل الألياف جزئية على طول حافة الصورة يسبب DiameterJ لإظهار أقطار الألياف التي تكون أصغر من الألياف الفعلي. وهكذا، فإن الاختيار الحس السليم لجميع الصور يجب أن يؤديها، وحين أخذ الصور يجب أن يكون الباحث دقيق لتحديد المناطق التي الألياف لا تتداخل وبالتوازي كبير أو تشغيل على طول حافة الصورة. جزءا لا يتجزأ من تحليل لDiameterJ هو تقطيع الصورة. ومع ذلك، كيفية تقسيم الصورة إلى المقدمة أو الخلفية يمكن أن يغير بشكل كبير من المخرجات التي تنتجها DiameterJ المدرجة أدناه: تطبيع التوجيه مؤشر متوسط ​​شبكة حجم ثقب في المئة Porocity تقاطع الكثافة المميزة الألياف طول الألياف التوجيه الرسم البياني وذلك لأن المزيد من الألياف التي تتم تجزئة من صورة أكبر حجم المسام، وانخفاض كثافة التقاطع وارتفاع طول الألياف مميزة بين التقاطعات. بالإضافة إلى ذلك، اتجاه الألياف يمكن أن تحول لاتجاه الألياف الكامنة يمكن أن تكون مختلفة من الألياف التي هي أقرب إلى الطبقة العليا. وهكذا، في حين أن خوارزميات تحليل هذه المقاييس هي قادرة على تحقيق نتائج دقيقة للغاية على الصور المعايرة على الصور مجزأة الحقيقية للتحليل يعتمد كليا على خوارزمية تجزئة المستخدمة. في حين، وقد أدرجت هذه الخوارزميات في DiameterJ لتوفير وسيلة مرجعية لحساب هذه القيم نحن نحذر من أن ما لم تستخدم خوارزميات تجزئة متطابقة وإعدادات التقاط الصور، والنتائج من هذه الخوارزميات هي غير قابلة للمقارنة بين الصور. قطر الألياف ثابتة نسبيا إلى تجزئة بسبب صورة جيدة تجزئة يؤدي إلى عدم وجود الألياف جزئية، فقط أقل الألياف يتم تضمينها في تجزئة. وهكذا، في حين خوارزميات التجزئة المختلفة قد تنتج زيادة أو نقصان الألياف أخذ العينات قياس أقطار الألياف داخل كل تقسيم دقيق. تطوير خوارزمية تجزئة ليس لديها هذه المشكلة عبر أي صورة هو حاليا موضوع بحث مكثف في مجال تحليل الصور. عند تحليل الصور مع العديد من أقطار الألياف متميزة وقد وجد أن DiameterJ تحت يمثل انتشار الألياف قطر أكبر بالمقارنة مع الألياف الصغيرة. هذا التحيز يؤدي إلى المتوسطات المرجحة كونها غير دقيقة وعن المعدلات العالمية من أقطار الألياف إلى أن يميل تجاه أقطار الألياف الصغيرة. ومن المقرر أن تقاطع تصحيح / الطرح وزيادة احتمال من ألياف أكبر وجود المزيد من التقاطعات التحيز بسبب زيادة حجمها. هذا القيد لا يمكن التغلب عليها جزئيا تصحيح تقاطع اتجاهي تقاطع الألياف، والتي هي حاليا قيد التطوير. ومع ذلك، هذه المحدودية في جميع التقنيات تحليل صورة ثنائية الأبعاد والتي لا يمكن القضاء عليها تماما، مما يجعل المتوسطات المرجحة من قطر الألياف غير دقيقة قليلا مهما كانت. التمييز بين أقطار الألياف التي هي أقرب في قطر من 3 بكسل غالبا ما يخلق صعوبات قرار لذروة المناسب وانتشار كل قطر الألياف يمكن منحرفا. هذا له علاقة مع القيود المتأصلة بسبب binning بكسل من الخطوط القطرية في الإقليدية بعد التحويلات. هذا القيد لا يمكن التغلب عليها عن طريق زيادة التكبير من الصور الخاصة بك بحيث الألياف بأقطار مختلفة لديها أكثر من 3 بكسل الخلاف بينهما. التثبيت إذا قمت بتثبيت يماغيج قبل نهاية عام 2013 يجب إلغاء تثبيت الإصدار الحالي من يماغيج (لا تقم بتحديث) وإعادة تثبيت يماغيج 1.48 أو أحدث. قبل إلغاء التثبيت تأكد من نسخ كافة الإضافات القديمة في مجلد منفصل كما سيتم إزالة هذه عند إلغاء تثبيت الإصدار القديم من يماغيج. ونحن نوصي يماغيج على فيجي إذا كان لديك أي خبرة مع أي من البرامج لانها أبسط للاستخدام. تحميل وبفك الملفات DiameterJ (البحث في المصدر أعلاه)، ونقل أو نسخ المجلدات الثلاثة في مجلد الإضافات من يماغيج. وينبغي أن يكون في الدليل: الإضافات ملفات البرنامج يماغيج أو C: C وملفات البرنامج (x86) ويماغيج الإضافات DiameterJ العمل مع إلى x86 (32-بت) أو إلى x64 (64-بت) إصدارات جافا / يماغيج إعادة يماغيج اتبع التعليمات هنا أو هنا لتركيب يماغيج / فيجي على OSX تحميل وبفك الملفات DiameterJ (البحث في ملف في مربع المعلومات أعلاه) نقل أو نسخ المجلدات الثلاثة في مجلد ملحقات الدليل حيث كنت قد وضعت يماغيج. سوف DiameterJ العمل مع إلى x86 (32-بت) أو إلى x64 (64-بت) إصدارات جافا / يماغيج إعادة يماغيج س: عند تشغيل أي خوارزمية تجزئة حدوث خطأ تقول إما غير المعترف بها الأمر: عتبة السيارات أو غير المعترف بها الأمر: عتبة السيارات .. ج: لقد تم تثبيت إصدار خاطئ من DiameterJ إلى يماغيج الإفراج / فيجي الخاصة بك. فيجي يعطي عتبة .. الخطأ السيارات وذلك يعني تثبيت يماغيج الصورة المساعد في فيجي. يماغيج يعطي الخطأ عتبة السيارات وهذا يعني أنك لقد تثبيت فيجي ق إصدار البرنامج إلى ImageJ0. يرجى تحميل وتثبيت الإصدار الصحيح من DiameterJ لقطعة من البرنامج الذي تستخدمه. س: عندما أبدأ يماغيج أو فيجي للمرة الأولى بعد تثبيت DiameterJ أحصل على خطأ في تكوين المساعد: C:. تكرار الأوامر: XXXX (بالفعل في السنة) أين. هو الدليل حيث يوجد البرنامج المساعد الخاص بك، XXXX هو اسم البرنامج المساعد وYYYY هو اسم الدليل حيث أن البرنامج المساعد هو بالفعل. ج: لديك الإضافات مكررة الذهاب إلى الملف حيث يمكنك فك ضغط DiameterJ وغيرها من الإضافات لفتح DiameterJ، OrientationJ، أو تحليل الهيكل العظمي 2D - المجلد 3D وحذف الملف المسمى XXXX س: عند تشغيل DiameterJ خطأ يحدث أن تقول قيادة غير معروف : الهيكل العظمي التقاطعات أو القيادة غير معروف: OrientationJ أو القيادة غير معروف: تحليل الهيكل العظمي (2D / 3D) أو القيادة غير معروف: منطقة الإحصائية دمج ج: أثناء تثبيت واحد أو أكثر من الإضافات ما هو مطلوب لDiameterJ تم تفويتها. يرجى الرجوع إلى ملف مضغوط التي قمت بتنزيلها لDiameterJ ونسخ جميع الملفات في مجلد الإضافات من يماغيج / فيجي س: عند تشغيل DiameterJ خطأ يحدث أن يقول غير المعترف بها الأوامر: AAAA حيث AAAA هو أي أمر غير المذكورة اعلاه. ج: ربما كنت تستخدم إصدار من يماغيج التي تم تحديثها إلى v 1.48 أو أحدث ولم تخلق تركيب جديد من يماغيج. يستخدم DiameterJ العديد من الإضافات / البرامج النصية التي يماغيج لا تدرج في التحديثات الخاصة به، وهي تشمل فقط منهم في التثبيتات جديدة. وبالتالي يجب إزالة تثبيت يماغيج وإعادة تثبيت نسخة جديدة 1.48 أو أحدث. يرجى تذكر حفظ نسخة من أي الإضافات التي تضاف إلى يماغيج قبل إلغاء تثبيت ذلك، سيتم فقدان هذه أثناء عملية إلغاء التثبيت إلا إذا قمت بحفظ نسخة في موقع آخر على جهاز الكمبيوتر الخاص بك. س: عند تشغيل يبدو DiameterJ خطأ في السجل الذي يقول خطأ لا توجد الألياف في BBBB. TIF إلى تحليل. ج: إن الصور التي في المجلد الذي قمت بتحديده ليست ثنائي (أبيض وأسود) الصور أو الصورة سوداء تماما. يرجى صورة الجزء الخاص بك قبل محاولة تحليل ذلك مع DiameterJ ثم نقل صورة مجزأة إلى مجلد منفصل مع الوحيد الصور بالأبيض والأسود في ذلك. س: يحدث لا خطأ ولكن عندما أطلب من XXX الجزء أو DiameterJ لتحليل المجلد الذي لدي صور في، يتم إنتاج أي إخراج من الجزء XXX / DiameterJ. ج: إن الصورة هي ربما ليس ملف. TIF. في الوقت الراهن DiameterJ يحلل فقط. TIF الصور. يرجى حفظ الصور الخاصة بك كما ملفات. tif ثم تحليل مع DiameterJ س: DiameterJ تحافظ على إعطائي خطأ في ملف وفاز ر يستمر إلى ملف والقادم: لسوء الحظ DiameterJ يذهب متسلسل من خلال الملفات ويسن قادرة على تخطي ملف مع خطا. ببساطة إزالة الملف الذي يتم إعطاء الخطأ من المجلد الذي ترغب في تحليل وإعادة تشغيل DiameterJ. س: أي من الصور وانا تحليل وتقسيم جيد مع الخوارزميات الخاصة بك، لماذا لا ج: خوارزميات تضمينها بشكل افتراضي مع DiameterJ تعتمد بشكل كبير على توحيد لون الألياف و / أو خلفية داكنة. وفيما يلي أربعة أمثلة جيدة وأربعة أمثلة التي تعمل بشكل سيئ للتجزئة صورة مع خوارزميات الافتراضية. نضع في اعتبارنا أن هناك العديد من الخوارزميات المزيد من تجزئة من ولقد تضمنت مع DiameterJ في كل من فيجي ويماغيج. رؤية أدوات تكميلية أو أقسام تقطيع الصورة من هذا العمل لعدد قليل من الخيارات المتاحة. يعمل DiameterJ 1 مع العديد من الإضافات يماغيج / فيجي. OrientationJ أولا وقبل كل شيء. أيضا، أدوات عظيمة الأخرى التي أدخلنا هي وظيفة AnalyzeSkeleton من اجناسيو Arganda-كاريراس، وكذلك الهيكل العظمي التقاطعات من غابرييل LANDINI الصورة المساعد التشكل. نحن ترغب أيضا لإعطاء شكرا جزيلا لدمج خوارزمية منطقة الإحصائية مما يجعل الإنقسامات لدينا تعمل بشكل افضل كثيرا. من الذي يتكلم، ونحن تشمل الكثير من خوارزميات تجزئة أننا ارين تي موهوب يكاد يكفي لمن البلدان المتقدمة أنفسنا. وعلى وجه الخصوص تلك التقنيات الموضحة أعلاه في القسم الإنقسام من هذه المادة، ويمكن العثور عليها في الروابط أدناه. نحن ترغب أيضا أن أقول إن DiameterJ يلعب بشكل جيد مع الإخراج من أي خوارزمية التجزئة الأخرى التي تنتج صورة ثنائية. فيجي وقد طن من خوارزميات الإنقسام التي هي كبيرة لأنواع مختلفة من الصور. بالإضافة إلى ذلك، تم إنشاء العديد من الإضافات للاستخدام في ImageJ أو فيجي: IJ الإضافات عتبة السيارات وعتبة السيارات المحلية. إذا التخلف لدينا دون ر العمل ثم حاول أي / كل هذه. وأخيرا، فإننا نرغب في تشجيع الجميع على القيام ذروة تركيب رسوم بيانية قطر التي تنتج DiameterJ. للقيام بذلك يمكن استخدام أي أداة مناسبة الذروة. مورد الحرة ويندوز هو Fityk ومع ذلك، ونحن دون ر يوصي أي برنامج على وجه الخصوص. الحد من التحيز لتصحيح الرسم البياني تقاطع طريق طرح إتجاهي التقاطعات الألياف بدلا من الطرح بطانية داخل معين تقاطع دائرة نصف قطرها إدماج ذروة جاوس خوارزميات المناسب داخل DiameterJ نفسها. ونحن نعمل حاليا على تطبيق جافا الأصلي على DiameterJ. هذا لن تغيير جذري في وظيفة من DiameterJ ومع ذلك، فإنه جعلها أسرع، تبدو أكثر نظافة، ويجب حل القضايا استمرارية المسافة الإقليدية 16 بت تحويل آلة حاسبة تمكين DiameterJ لتخطي إلى الملف التالي في حالة حدوث خطأ أثناء تحليل الجمع بين مختلف ثلاثة 2nd طبعة. واسطة. دقيقة.